1996年4月,由石河子醫(yī)學(xué)院、石河子農(nóng)學(xué)院、兵團(tuán)經(jīng)濟(jì)專科學(xué)校、兵團(tuán)師范專科學(xué)校合并組建，成立了石河子大學(xué)。作為石河子大學(xué)的有機(jī)組成部分，石河子醫(yī)學(xué)院更名為石河子大學(xué)醫(yī)學(xué)院。截止到1996年，學(xué)院共有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系、護(hù)理系、預(yù)防醫(yī)學(xué)系、藥學(xué)系4個教學(xué)系，有2個本科專業(yè)(臨床和護(hù)理)、2個專科專業(yè)(影像和藥學(xué))